流腦發病初期類似感冒，流鼻涕、咳嗽、頭痛發熱等。病菌進入腦脊液后，頭痛加劇，嗜睡、頸部強直、有噴射樣嘔吐和昏迷休克等危重癥狀。由于流腦臨床類型較多，有些病人最初可表現為上呼吸道感染癥狀，不容易引起重視，因此，在該病流行期間，如果發現有不明原因的發熱、頭痛、咽喉疼痛等癥狀，應及時到醫院就診，以便早發現、早治療。
普通型——先有上呼吸道感染癥狀但不很明顯，突然發熱頭痛、嘔吐(常呈噴射狀吐)、嗜睡或驚厥，乳幼兒常表現煩躁嗜睡交替出現，雙目凝視，尖聲哭叫，拒奶、易驚等。多數病人在起病數小時內皮膚黏膜出現瘀點或瘀斑，呈暗紅色或紫紅色大小不等，分布不勻。
休克型——在流行季節突然發熱、頭痛、面色發灰、四肢發涼、皮膚發花，皮膚上有大量瘀點常常融合成片，脈細弱，重者血壓下降，神志不清。
腦膜腦炎型——高熱，劇烈頭痛，煩躁不安，明顯嗜睡，重者抽搐、昏迷。
