乙腦的預防主要采取兩個方面的措施，即滅蚊防蚊和預防接種。
(一)滅蚊
三帶喙庫蚊是一種野生蚊種，主要孳生于稻田和其它淺地面積水中。成蚊活動范圍較廣，在野外棲息，偏嗜畜血。因此，滅蚊時應根據三帶喙庫蚊的生態學特點采取相應的措施。如：結合農業生產，可采取稻田養魚或灑藥等措施，重點控制稻田蚊蟲孽生；在畜圈內噴灑殺蟲劑等。
(二)人群免疫
目前國際上主要使用的乙腦疫苗有兩種，即日本的鼠腦提純滅活疫苗和中國的地鼠腎細胞滅活疫苗。減毒活疫苗我國正在試用中，該疫苗系選用60年代SA14株經地鼠腎細胞連續傳代，紫外線照射等措施后獲得的三個減毒活疫苗株，遠較國外的減毒株毒力低。而免疫原性好。
疫苗注射的對象主要為流行區6個月以上10歲以下的兒童。
在流行前1個月開始，首次皮下注射，(6～12個月每次0.25ml，1～6歲每次0.5ml，7～15歲每次1ml，16歲以上每次2ml)間隔7～10天復種1次，以后每年加強注射一次。
預防接種后2～3周體內產生保護性抗體，一般能維持4～6個月。
