(一)中毒型菌痢
本病亦多見于夏秋季，兒童多發，病初胃腸癥狀出現前即可有高熱及神經癥狀(昏迷、驚厥)，故易與乙腦混淆。但本病早期即有休克，一般無腦膜刺激征，腦脊液無改變，大便或灌腸液可查見紅細胞，膿細胞及吞噬細胞，培養有痢疾桿菌生長，可與乙腦相區別。
(二)化膿性腦膜炎
癥狀類似乙腦，但冬春季節多見，病情發展較速，重者病后1～2天內即可進入昏迷。流腦早期即可見瘀點。肺炎雙球菌腦膜炎、鏈球菌腦膜炎以及其他化膿性腦膜炎多見于幼兒，常先有或同時伴有肺炎，中耳炎，乳突炎，鼻竇炎或皮膚化膿病灶，而乙腦則無原發病灶。必要時可查腦脊液鑒別。
(三)結核性腦膜炎
少數結核性腦膜炎患者發病急，早期腦脊液含量可不低，在乙腦流行季節易誤診，但結腦病程長，有結核病灶或結核病接觸史，結核菌素試驗大多陽性。結腦腦脊液外觀呈毛玻璃樣，白細胞分類以淋巴細胞為主，糖及氯化物含量減低，蛋白可增加；放置后腦脊液出現薄膜，涂片可找到結核桿菌。
(四)流行性腮腺炎、脊髓灰質炎、柯薩奇及?？刹《镜人轮袠猩窠浵到y感染
這類病人腦脊液白細胞可在0.05～0.5×109/L之間，但分類以淋巴細胞為主。部分流行性腮腺炎患者可先出現腦膜腦炎的癥狀，以后發生腮腺腫脹，鑒別時應注意詢問流腮接觸史。少數乙腦病人可有弛緩性癱瘓，易誤診為脊髓灰質炎，但后者并無意識障礙?？滤_奇病毒、?？刹《?、單純皰疹病毒、水痘病毒等也可引起類似癥狀。應根據流行病學資料，臨床特征及血清學檢查加以區別。
(五)鉤端螺旋體病
本病的腦膜炎型易與乙腦混淆，但多有疫水接觸史，乏力、腓腸肌痛、結膜充血、腋下或腹股溝淋巴結腫大，腦脊液變化輕微?？捎醚鍖W試驗加以證實。
(六)腦型瘧疾
發病季節、地區及臨床表現均與乙腦相似。但腦型瘧疾熱型較不規則。病初先有發冷、發熱及出汗然后出現腦癥狀。還可有脾腫大及貧血。血片查找瘧原蟲可確診。
(七)其他
新型隱球菌性腦膜炎、中暑、腦血管意外、蛛網膜下腔出血、急性腦型血吸蟲病、斑疹傷寒及敗血癥等所致腦病，亦應根據發病地區、臨床表現以及實驗室檢查，加以鑒別。
