孕婦感染了巨細胞病毒后，病毒可通過胎盤感染胎兒，造成胎兒先天性感染，流產和死胎。

先天性感染的嬰兒出生時可無癥狀，但也有嚴重者可累及多臟器，甚至死亡。有癥狀者可見肝脾腫大，黃疸，瘀斑或紫癜，脈絡膜視網膜炎，小頭畸形等。所有活著的患兒都會出現不同程度的聽力、視力減退，意識、運動障礙，智力遲鈍等。

嬰兒出生后經產道或哺乳感染的，為后天獲得性感染，一般癥狀輕，預后良好，個別有肝功異常。