巧克力囊腫又稱子宮內膜異位囊腫，是婦科病中常見又非常復雜的病種。據北京朝陽醫院京西院區婦產科主任醫師陳晨介紹，巧克力囊腫雖然100%屬于良性腫瘤，卻非常折磨人。它可以到處粘連，四處流竄，治療之后又很容易復發。惡性腫瘤的增生、擴散，甚至轉移的特點，巧克力囊腫都具備。它除了讓女性被痛經所困擾之外，還會引起性交痛、盆腔包塊，以及更大麻煩——不孕。
巧克力囊腫的病因尚不確定，目前比較公認的原因是經血逆流。正常情況下，子宮內膜應該生長在子宮腔內。如果子宮內膜的一些碎片隨著經血通過輸卵管逆流到其他組織，這些內膜碎片雖然脫落卻并沒有喪失生命力，在到達其他組織后就會像播種一樣，在這些組織或器官上扎根、生長。它們受內分泌的控制，會周期性地生長、脫落和出血，由于找不到排血的通道，便在局部一點點地聚集，形成包裹性囊腫。囊腫內含有陳舊的深褐色黏稠性經血，看起來很像巧克力醬，故人們通常把它叫做巧克力囊腫。
巧克力囊腫的治療非常麻煩。因為巧克力囊腫的形成和發展是在內分泌功能的控制下進行的。只要有卵巢在，女性激素就會繼續分泌，異位的內膜就會繼續生長，導致囊腫復發。而如果為治療巧克力囊腫而切除卵巢，無異于殺雞取卵，使女性生活質量受到極大影響。就治療而言，一般來說，若囊腫直徑小于三四厘米，如果不影響受孕，可進行隨診觀察，先妊娠；若囊腫影響妊娠或直徑大于四厘米，則應手術。
因巧克力囊腫導致不孕的女性最好在術后的1年內盡快懷孕，否則受孕率會逐漸下降。術后3個月內由于炎癥、水腫、術中和術后用藥和精神緊張等因素不宜懷孕，以防形成宮外孕的可能。因此，在這3個月內患者需要服用停經的藥物，以抑制月經形成，避免給囊腫提供其生成所需的養分，從而鞏固治療效果。3個月后則應盡快受孕，一是此時受孕幾率高，二是十月懷胎就等于10個月無月經來潮，也就意味著接受了10個月最自然、最好的治療。
