（一）實驗室檢查
1.常規化驗 血常規和生化檢查可了解有無貧血、白細胞增多和糖尿病以及電解質和酸堿平衡情況。新鮮糞便檢查是診斷急、慢性腹瀉病因的最重要步驟，可發現出血、膿細胞、原蟲、蟲卵、脂肪瘤、未消化食物等。隱血試驗可檢出不顯性出血。糞培養可發現致病微生物。鑒別分泌性 腹瀉和高滲性腹瀉有時需要檢查糞電解質和滲透性。
2.小腸吸收功能試驗
(1)糞脂測定：糞涂片用蘇丹Ⅲ染色在鏡下觀察脂肪滴是最簡單的定性檢查方法，糞脂含量在15%以上者多為陽性。
(2)D-木糖吸收試驗：陽性者反映空腸疾病或小腸細菌過長引起的吸收不良。在僅有胰腺外分泌不足或僅累及回腸的疾病，木糖試驗正常。
(3)維生素B12吸收試驗 在回腸功能不良或切除過多、腸內細菌過長以及惡性貧血時，維生素B12尿排泄量低于正常。
(4)胰功能試驗：功能異常時表明小腸吸收不良是由胰腺病引起的。
(5)呼氣試驗：
①14C-甘氨酸呼氣試驗：在回腸功能不良或切除過多腸內細菌過長時，肺呼出的14CO2和糞排出的14CO2明顯增多。
②氫呼氣試驗：在診斷乳糖或其他雙糖吸收不良，小腸內細菌過長，或小腸傳遞過速有價值。
（二）影像診斷
1.X線檢查 X線鋇餐、鋇灌腸檢查和腹部平片可顯示胃腸道病變、運動功能狀態、膽石、胰腺或淋巴結鈣化。選擇性血管造影和CT對診斷消化系統腫瘤尤有價值。
2.內鏡檢查 直腸鏡和乙狀結腸鏡和活組織檢查的操作簡便，對相應腸段的癌腫有早期診斷價值。纖維結腸鏡檢查和活檢可觀察并診斷全結腸和末端回腸的病變。小腸鏡的操作不易，可觀察十二指腸和空腸近段病變并作活檢。懷疑膽道和胰腺病變時，ERCP有重要價值。
3.B型超聲掃描 為無創性和無放射性檢查方法，應優先采用。
4.小腸粘膜活組織檢查 對彌漫性小腸粘膜病變，如熱帶性口炎性腹瀉、乳糜瀉、Whipple病、彌漫性小腸淋巴瘤（α重鏈病）等，可經口手入小腸活檢管吸取小腸粘膜作病理檢查，以確定診斷。
