近年來，在尿路結石癥的治療上有了突破性進展,但在小兒遠不及成人。對于成人，很多過去必須手術取出的腎結石，現在可以通過體外沖擊波碎石，經皮腎鏡、輸尿管腎盂鏡取石和溶石的方解決,從而避免了手術。但是，對于小孩，很多手術都要做好全面的評估才能進行，而且專家建議能避免手術的盡量避免。小兒腎結石主要的治療方法有以下幾種：
1.一般治療
(1)對于腎絞痛，可進行暫時性的指壓止痛：用拇指壓向患側骶棘肌外緣、第三腰椎橫突處，可收到止痛或緩解疼痛的效果。
(2)大量飲水：大量飲用開水或磁化水，不僅增加尿量起到沖洗尿路、促進結石向下移動的作用，而且還可稀釋尿液減少晶體沉淀。
(3)經常作跳躍活動，或對腎下盞內結石行倒立體位及拍擊活動，也有利于結石的排出。
(4)其它：對尿培養有細菌感染者，選用敏感染物積極抗感染，對體內存在代謝紊亂者，應積極治療原發疾病以及調理尿的酸堿度等等。
2.藥物治療
(1) 解痙止痛：常用藥物為杜冷丁及阿托品，用阿托品0.5毫克及杜冷丁50～100毫克肌肉注射，口服顛茄片16毫克，一天三次。
(2) 中草藥治療：常用藥物有金錢草、海金沙、瞿麥、扁畜、車前子、木通、滑石、雞內金、石葦等可隨癥加減。
(3)控制感染：常根據尿培養選擇合適的抗生素，提倡足量足療程治療。
(4)對癥處理：調節水電解質、酸堿平衡紊亂
3.手術治療 近年來，在尿路結石癥的治療上有了突破性進展在小兒遠不及成人。對于成人，很多過去必須手術取出的腎結石，現在可以通過體外沖擊波碎石，經皮腎鏡、輸尿管腎盂鏡取石和溶石的方解決。而避免手術。但是，對于小孩，很多手術都要做好全面的評估才能進行。
(1)開放性手術取石：適于結石較大，直徑大于0.8厘米(年幼兒大于0.4厘米)，或結石多角、粗糙，估計不能從尿道排除者，或結石已經引起了梗阻癥狀者，經常發生絞痛及大量血尿的結石，原則上都應去除。但由于小兒生理結構的原因，開放性手術用于小兒在儀器和技術上都受到了一定的限制，但由于小兒泌尿系結石常伴有解剖畸形，需要在手術中進行一并處理，因此開放性手術至今仍是取石的主要方法。去除腎結石的主要開放性手術是腎盂切開或腎竇切開取石，局限于腎一極的多發性結石或腎一極的腎盂積液感染結石，可考慮做腎臟部分切除;較大的鹿角形結石分支嵌頓于腎盂腎盞內，可考慮部分腎切除或原位控制低溫下行腎切開取石，或離體腎臟手術。
(2)經腹腔鏡取石 這是新近開展的微創手術，應用小兒腹腔鏡，切開腎盂，鉗出結石，具有微創小，恢復快的優點。
(3)體外震波碎石(ESWL) 但小兒體表小，組織器官嬌嫩，震波沖擊的同時，腎臟周圍的臟器都會受到震波的沖擊，使得腎內產生實質性瘢痕、肺出血、胸壁損傷等并發癥。另外，較大的胱氨酸結石對ESWL不起反應，難以震碎。而且，小兒腎盂輸尿管連接部位梗阻并發的結石，梗阻不解決，碎石根本就無法排出。
(4)經皮腎碎石術 儀器和技術不夠成熟，使得其應用受到了一定的限制，比較少用。
